หลักธรรมาภิบาล หรือที่รู้จักกันในนาม ระบบการบริหารกิจการบ้านเมืองที่ดี (GOOD GOVERNANCE) ไม่ใช่แนวความคิดใหม่ที่เกิดขึ้นในสังคม แต่เป็นการสะสมความรู้ที่เป็นวัฒนธรรมในการอยู่ร่วมกันเป็นสังคมของมวลมนุษย์เป็นพันๆ ปี ซึ่งเป็นหลักการอยู่ร่วมกันในบ้านเมืองและสังคมอย่างมีความสงบสุข สามารถประสานประโยชน์และคลี่คลายปัญหาข้อขัดแย้งโดยสันติวิธีและพัฒนาสังคมให้มีความยั่งยืน

การปกครองที่เป็นธรรม คือ การปกครอง การบริหาร การจัดการ การควบคุมดูแลกิจการต่างๆ ให้เป็นไปในครรลองคลองธรรม
นอกจากนี้ยังหมายถึงการบริหารจัดการที่ดี หรือการปกครองที่เป็นธรรม
หลักธรรมาภิบาล มีองค์ประกอบที่สำคัญ 6 ประการ คือ
(1) หลักนิติธรรม (2) หลักคุณธรรม (3) หลักความโปร่งใส
(4) หลักความมีส่วนร่วม (5) หลักความรับผิดชอบ (6) หลักความคุ้มค่า
ซึ่งกองทุนเพื่อการอนุรักษ์พลังงานใช้หลักธรรมาภิบาลเพื่อการบริหารจัดการเงินกองทุน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการอนุมัติเงินกองทุน ดังนี้ี้

หลักนิติธรรม, หลักคุณธรรมและหลักความโปร่งใส

(1) การพิจารณาจัดสรรเงินกองทุนฯ เป็นไปตามวัตถุประสงค์ของพระราชบัญญัติการส่งเสริมการอนุรักษ์พลังงาน พ.ศ. 2535 และฉบับเพิ่มเติม พ.ศ.2550 ซึ่งมีเจตนารมณ์ที่จะกำกับ ดูแล ส่งเสริมและช่วยเหลือการดำเนินการ อนุรักษ์พลังงาน เพื่อให้มีการผลิตและใช้พลังงานอย่างประหยัดและมีประสิทธิภาพ ตลอดจนก่อให้เกิดการผลิต เครื่องจักร และอุปกรณ์ที่มีประสิทธิภาพและวัสดุที่ใช้ในการอนุรักษ์พลังงานขึ้นภายในประเทศ

(2) การจัดสรรเงินกองทุนฯ เป็นไปตามแนวทาง หลักเกณฑ์ เงื่อนไข และลำดับความสำคัญของการใช้จ่ายเงินกองทุนฯ ที่ คณะกรรมการนโยบายพลังงานแห่งชาติ (กพช.) กำหนด

(3) การใช้จ่ายเงินกองทุนฯ และการจัดสรรเงินกองทุนเป็นไปตามระเบียบคณะกรรมการกองทุนฯ ที่เกี่ยวข้อง ได้แก่

  • ระเบียบคณะกรรมการกองทุนฯ ว่าด้วยการเก็บรักษาเงินและทรัพย์สินและการเบิกจ่ายเงินกองทุนฯ พ.ศ. 2537
  • ระเบียบคณะกรรมการกองทุนฯ ว่าด้วยหลักเกณฑ์และวิธีการขอจัดสรรขอเงินช่วยเหลือ หรือขอเงินอุดหนุนจากกองทุน ฉบับที่ 1 พ.ศ. 2537
  • ระเบียบคณะกรรมการกองทุนฯ ว่าด้วยหลักเกณฑ์และวิธีการขอจัดสรรขอเงินช่วยเหลือ หรือขอเงินอุดหนุนจากกองทุน ฉบับที่ 2 พ.ศ. 2539

(4) การจัดสรรเงินกองทุนฯ นอกจากจะเป็นไปตามแนวทาง หลักเกณฑ์ที่ กพช. กำหนดไว้แล้ว ยังจะต้องเป็นไปตามกรอบแผนอนุรักษ์พลังงานที่กำหนดไว้ในแต่ละระยะด้วย ซึ่งขั้นตอนการพิจารณาจัดสรรเงินกองทุนฯ ประกอบด้วย การกำหนดแนวทาง/หลักเกณฑ์ และคณะทำงานพิจารณากลั่นกรองงบประมาณของกองทุนฯ ซึ่งประกอบด้วยผู้แทนจากหน่วยงานและผู้ทรงคุณวุฒิในสาขาต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง ที่ได้รับความเห็นชอบจากคณะอนุกรรมการกองทุนฯ แล้วจึงนำเสนอคณะอนุกรรมการกองทุนฯ พิจารณา ก่อนนำเสนอคณะกรรมการกองทุนฯ พิจารณาอนุมัติต่อไป

(5) มีการกำกับดูแลและติดตามประเมินผลโครงการที่ได้รับการสนับสนุนจากกองทุนฯ โดยคณะอนุกรรมการประเมินผลแผนอนุรักษ์พลังงาน ซึ่งได้รับการแต่งตั้งจากคณะกรรมการกองทุนฯ นอกจากนี้ “กองทุนเพื่อส่งเสริมการอนุรักษ์พลังงาน” ยังได้เข้าสู่ระบบประเมินผลการดำเนินงานทุนหมุนเวียนของกรมบัญชีกลาง ตามบันทึกข้อตกลงการประเมินทุนหมุนเวียน (กองทุนเพื่อส่งเสริมการอนุรักษ์พลังงาน) กับกระทรวงการคลัง ซึ่งกำหนดเกณฑ์ประเมินผลการดำเนินงานของกองทุนออกเป็น 1) ผลการดำเนินงานด้านการเงิน 2) ผลการดำเนินงานด้านปฏิบัติการ 3) การสนองประโยชน์ต่อผู้มีส่วนได้ส่วนเสีย และ 4) การบริหารพัฒนาทุนหมุนเวียน และตามระเบียบคณะกรรมการกองทุนฯ ว่าด้วยการเก็บรักษาเงินและทรัพย์สินฯ ข้อ 30 ที่กำหนดให้ต้องมีการจัดทำรายงานการรับจ่ายเงินกองทุนฯ และเงินคงเหลือบัญชีเงินฝากกองทุนฯ เสนอคณะกรรมการกองทุนฯ เป็นรายไตรมาสและส่งสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน(สตง.) ต่อไป

ในการจัดทำกรอบแผนอนุรักษ์พลังงาน เพื่อใช้เป็นแนวทางในการพัฒนาและอนุรักษ์พลังงาน รวมถึงเป็นแผนการพัฒนาด้านพลังงานทดแทนของประเทศ ได้มีการระดมความคิดเห็นและข้อเสนอแนะ จากหน่วยงาน ผู้ทรงคุณวุฒิ และนักวิชาการจากสถานศึกษาที่เกี่ยวข้อง เพื่อให้การกำหนดเป้าหมายการประหยัดพลังงานของประเทศให้สอดคล้องกับสถานการณ์พลังงานในช่วงเวลานั้นๆ อย่างไรก็ตามในระหว่างการดำเนินโครงการภายใต้แผนอนุรักษ์พลังงาน ยังเปิดโอกาสให้ผู้มีส่วนได้ส่วนเสียต่อโครงการมีส่วนร่วมในการตัดสินใจ ซึ่งจะช่วยให้การดำเนินโครงการมีประสิทธิภาพและสัมฤทธิ์ผลยิ่งขึ้น
การดำเนินงานตาม พ.ร.บ. การส่งเสริมการอนุรักษ์พลังงาน มีการกำหนดหน้าที่ความรับผิดชอบในการดำเนินงานของหน่วยงานหลัก เช่น กรมพัฒนาพลังงานทดแทนและอนุรักษ์พลังงาน ดำเนินการควบคุมการอนุรักษ์พลังงานในโรงงานและอาคารควบคุมให้เป็นไปตามเป้าหมายและแผนการอนุรักษ์พลังงาน สำนักงานนโยบายและแผนพลังงาน ดำเนินการส่งเสริมและสนับสนุน การค้นคว้า วิจัย การศึกษาเกี่ยวกับการพัฒนา การส่งเสริมและการอนุรักษ์พลังงาน ซึ่งทุกหน่วยงานต่างมีความตั้งใจในการปฏิบัติตามภารกิจหน้าที่อย่างดี ทั้งนี้ เพื่อให้การดำเนินการของกองทุนฯ เป็นไปตามเป้าหมายของแผนอนุรักษ์พลังงานและบรรลุตามวัตถุประสงค์ของ พรบ. การส่งเสริมการอนุรักษ์พลังงาน
มีการจัดทำแผนอนุรักษ์พลังงาน ซึ่งได้กำหนดเป้าหมายการอนุรักษ์พลังงาน และกำหนดเป้าหมายการนำพลังงานหมุนเวียนมาใช้แทนพลังงานเชิงพาณิชย์ รวมทั้งกำหนดแนวทาง หลักเกณฑ์ เงื่อนไข และลำดับความสำคัญของการใช้จ่ายเงินกองทุนเพื่อส่งเสริมการอนุรักษ์พลังงานในช่วงปี 2551-2554 ซึ่งภายใต้หลักเกณฑ์ดังกล่าว ได้กำหนดเกณฑ์ในการสนับสนุนโดยมาตรการแต่ละมาตรการต้องมีผลตอบแทนการลงทุนทางเศรษฐศาสตร์ที่แท้จริง (Real term) ไม่ต่ำกว่าร้อยละ 9 และเพื่อให้การดำเนินการเป็นไปตามเป้าหมายที่ตั้งไว้ ได้มีการจัดตั้ง คณะอนุกรรมการประเมินผลแผนอนุรักษ์พลังงาน เพื่อทำหน้าที่ประเมินผลการดำเนินงานของโครงการที่ได้รับการจัดสรรเงินจากกองทุนฯ